http://varesoon.ir/images/stories/gallery/img_originals/___8/_22/__-_1704/________20140312_1296123635.jpg

در سال ۱۳۶۴ هـ .ق برای تکمیل مراحل علمی به نجف اشرف مهاجرت نمود و سطوح عالیه را نزد حضرات آیات: محمد حسین اصغرخانی، عبدالحسین رشتی و سید یحیی یزدی و فلسفه را نزد شیخ صدرا بادکوبه‌ای فرا گرفت. سپس به درس خارج فقه و اصول آیات عظام کاظم شیرازی، سید ابوالقاسم خویی، میرزا هاشم آملی ، محمد علی کاظمینی، سید عبد الهادی شیرازی و سید محسن حکیم راه یافت و بعد از بهرگیری از خرمن پر بار بزرگان نجف اشرف به کمال علمی و اجتهاد رسید و پیوسته به تدریس سطوح عالیه و خارج فقه و اصول اشتغال داشت و در مواردی نماینده خاص آیه الله سید محسن حکیم در امور حسبیه و اجرائی دفتر و استان های عراق بود. در زمان زعامت آیه الله سید محمود شاهرودی یکی از ممتحنین مجتهد در ملازم ایشان به تدریس و تحقیق و بحث در حوزه اشتغال و از معتمدین معظم له به شمار میرفت و سپس در زمان مرجعیت آیت الله خوئی رحمه الله علیه در دفتر ایشان همراه با آیات عظام میرزا جواد تبریزی رحمه الله علیه و آیت الله وحید خراسانی در امور فقهی و سوالات و فتاوا و مورد اطمینان معظم له بود و هم زمان در مدرسه جامعه النجف الدینیه آقای کلانتر به عنوان مدیریت و استاد فعالیت داشت و در کنار آن همراه با آیت الله صدر و جمعی از فضلاء مدرسه به تحقیق وپیرامون لمعتین پرداخت و حاصل و دستاورد آن کتاب شرح لمعه الدمشقیه ده جلدی بود که بعد ها توسط آقای کلانتر در بیروت به زیور طبع آراسته شد و تا کنون یکی از دروس فقه مورد استفاده فضلا و طلاب حوزه های علمیه می باشد .                                                                          

 در سال ۱۳۹۱ هـ .ق بعد از ۲۸ سال اقامت در نجف اشرف، به ایران مسافرت کرد و طبق فرموده‌ی خودشان به دنبال اخراج هزاران نفر از علماء و مردم عراق به وسیله حزب بعث، ناچار می شود نسبت به بازگشت به عراق امتناع ورزیده و در اصفهان اقامت کرده و مدت زمانی کم  مدیریت حوزه اصفهان را به دست گرفته و در مدرسه علمیه صدر اصفهان مشغول تدریس بود و چون به حوزه پر بار نجف و گستردگی آن عادت داشت، حوزه اصفهان را ترک و به حوزه علمیه قم هجرت کرد و به تدریس اصول فقه، تفسیر قرآن و دروس نهج البلاغه پرداخت.

سپس به حوزه مشهد مقدس مهاجرت و در زمان حیات آیت الله میلانی رحمه الله علیه مدیریت مدرسه عالی امام هادی علیه السلام را تقبل و یکی از مدرسین و ممتحنین بود. ساکن خیابان خسروی در مشهد بود خدا را شاکرم بارها به منزلشان حهت کسب فیض ومباحث فقهی و اصولی و همچنین معرفتی شرفیاب شدم و خدمت با اخلاصش رسیدم و چند از گاهی نیز بهمراه مرحوم خبازیان محضرشان شرفیاب میشدیم و توشه های  فراوان از آن مجالس حاصل گردید تالیفاتی از ایشان در فقه و اصول از ایشان در آن منزل مسکونی رویت گردید که شاید اکنون دست آقا زاده فاضل ایشان باشد . روحیه نجفی در ایشان موج میزد ، اهل احتیاط ، متواضع و سلیم النفس بود  اهل علم و عمل و تقوا بود حتی یک اجازه از ایشان در مصرف خمس به ذی حق دارم . خدایش رحمت کناد                                                              

 بالاخره در نیمه شب جمعه 25/7/1385 شمسی در در سن 84 سالگی در قم المقدسه از دنیا رفت و در قبرستان وادی السلام نجف دفن گردید .

سنگ قبر آیت الله باقری نجفی