شجره نامه خانوادگی دکتر مرتضی شیخ به مرحوم شیخ حرعاملی صاحب کتاب وسائل الشیعه می رسد مرحوم شیخ حر عاملی از علمایی بوند که در زمان صفویه از جبل عامل لبنان به ایران کوچ کردند و در مشهد صحن اسماعیل طلا مدفون است . اما پدر دکترشیخ، تاجر بود و برای مدتی در استامبول ساکن و همانجا با خانمی ترک ازدواج می کند که حاصل آن دو پسر و سه دختر بود. و بعدها سرپرستی آنها بدوش دکتر مرتضی افتاد .

دکتر مرتضی شیخ در سال 1286 ه.ش در تهران به دنیا آمد . دوران کودکی و همچنین تحصیلات خود را تا سطح مدرسه عالی طب در همان شهر ادامه داد و با درجه دکترای طب فارغ التحصیل شد. پدر ایشان به شغل زرگری مشغول بود و پس از آنکه به دلایلی دچار مشکل مالی گشت، دکتر شیخ نیز ضمن تحصیل به ایشان هم یاری می رساند. از همین زمان بود که با مشکلات طبقه محروم آشنا شد و گویی با خود عهد بست تا تمامی توان خود را صرف این قشر نماید. پس از ازدواج از طریق ادراه تابعه ( بهداری ) به مشهد منتقل و در قالب همان دایره در کارخانه قند مشغول به خدمت شد. محدودیت میزان خدمات رسانی، دکتر را بر آن داشت تا در نقاط محروم شهر چندین مطب افتتاح کند. وی در پاسخ این سوال که: چرا فقط در نقاط محروم مطب زده اید؟ می گوید: چون مردم امکان آمدن به مطب مرا ندارند و ایاب و ذهاب ایجاد هزینه می کند، لذا من به میان آنها رفته ام. دکتر مرتضی شیخ 69 سال با عزت تمام در میان مردم زیست. با مردم خندید و البته با گریه آنها، بیشتر از آنها گریست.